Batuan:
Litologi pada Kompleks Gunung Pakuwaja terdiri dari lava dan endapan piroklastik. lava berjenis andesit biotit dengan karakteristik berupa warna abu - abu, tekstur porfiritik, hipokritalin, dan inequigranular, komposisi mineral terdiri dari plagioklas, kuarsa, biotit, dan piroksen. Lava tersebut hadir sebagai intrusi yang memisahkan kedua kawah di bagian puncak. Gunung Pakuwaja merupakan gunungapi yang terbentuk pada episode paling muda yang menempati kompleks bagian tengah dari pembentukan Kompleks Vulkanik Dieng. Berdasarkan hasil dari penentuan umur menggunakan metode Potasium Argon (K/Ar), Gunung Pakuwaja berumur 0,09 Juta tahun yang lalu, sedangkan berdasarkan penentuan umur dengan metode Argon-Argon (Ar/Ar) Gunung Pakuwaja berumur 0,13 juta tahun yang lalu. Litologi penyusun lokasi ini merupakan bagian dari Satuan Batuan Gunungapi Dieng bagian atas.
Struktur Geologi:
Secara struktur geologi regional pembentukan Gunung Pakuwaja dikontrol oleh struktur yang berarah Baratlaut - Tenggara.
Bentang Alam:
Gunung Pakuwaja merupakan gunungapi yang berada pada Kompleks Vulkanik Dieng dengan beberapa kali proses erupsi. Dalam Gunung Pakuwaja ini terdiri dari beberapa fitur geologi berupa:
a.Kerucut vulkanik Pakuwaja,
b.Sisa Kawah Pakuwaja,
c.Lava Pakuwaja, dan
d.Kawah Aktif Pakuwaja.
Bentang alam gunung ini melingkupi tiga desa yaitu Desa Sembungan, Desa Parikesit, dan Desa Tieng, Kecamatan Kejajar, Kabupaten Wonosobo.